El programa contempla asignaturas que abarcan conceptos básicos de fitosanidad, que son importantes para aquellos estudiantes que no los cursaron en su licenciatura, hasta asignaturas que abren la posibilidad de complementar el conocimiento tanto de estudiantes que tienen una amplia formación y experiencia en fitosanidad, hasta aquellos que ingresan sin una formación básica en ésta área.

Esta flexibilidad de la propuesta también facilitará la interacción con otros grupos o instituciones académicas y de investigación, a través de estancias de investigación, de la conformación de comités tutoriales y de la alternativa de cursar asignaturas de otros planes de estudios afines al plan de estudios de la Maestría proponente.

Es así como el estudiante y los profesores planearían una estructura curricular, seleccionando las asignaturas y proponiendo una estancia, que conjuntamente con los seminarios y su Trabajo de Tesis conlleven a cubrir los créditos del Plan de Estudios y los objetivos de la Maestría.