En el programa se desarrollan dos líneas de investigación: Manejo Agroecológico de Plagas y Manejo Agroecológico de Enfermedades
Los objetivos de estas LGAC son:
En cada línea de investigación, los profesores del núcleo académico básico cuentan con amplia experiencia y calidad demostrada de su trabajo de investigación. Los estudiantes como parte de su tesis de grado, invariable y obligatoriamente realizan un trabajo de investigación que está integrado a alguna de las líneas mencionadas. En cada una de las líneas se generan productos de investigación: artículos científicos publicados en revistas nacionales e internacionales, capítulos en libros y participación en eventos científicos, entre otros, con la participación de los estudiantes como autores y coautores.
El trabajo de investigación que realizan los estudiantes como parte de su tesis de grado, invariable y obligatoriamente está integrado a alguna de las líneas mencionadas. En cada una de las líneas se han generado diferentes productos (artículos científicos publicados en revistas nacionales e internacionales, capítulos en libros y participación en eventos científicos, entre otros) en los cuales los estudiantes participan como co-autores